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年末調整が終わると「もう税金の手続きは全部終わった」と考える従業員が多いですが、実は“年末調整だけでは完結しない人”が一定数存在します。
これを放置すると未申告になり、追徴税や延滞税が発生することもあります。

この記事では、年末調整後も確定申告が必要になる代表的なケースを、経営者・事務担当者が従業員に説明できるよう、わかりやすくまとめました。

1. 副業収入がある人（年間20万円超）

確定申告が必要になる最も多い理由が「副業収入」です。

副業収入の代表例

・アルバイトの給与（複数給与）
・業務委託（ライター、デザイナーなど）
・せどり・物販
・ハンドメイド販売
・YouTube収益
・フリマアプリの利益

給与以外の所得が年間20万円を超えると、確定申告が必要になります。

従業員本人が「少額だから大丈夫」と思っているケースが多く、会社側が案内しておくとトラブル防止になります。

2. 医療費控除を受けたい人

年末調整では医療費控除ができないため、希望者は確定申告が必要です。

医療費控除は、
・年間10万円超
・または所得の5%以上
の医療費を支払った場合に適用されます。

夫婦や家族の分をまとめて申告できるため、家族全体で医療費が多い年ほど確定申告の必要性が高まります。

3. ふるさと納税のワンストップ特例が使えない人

ふるさと納税は“5自治体以内”ならワンストップ特例が使えますが、
・6自治体以上に寄附
・申請書を出し忘れた
・途中で転居して住所変更を出し忘れた
場合は、確定申告が必要です。

これは誤解が非常に多いため、年末調整の説明時に案内しておくと従業員の混乱を防げます。

4. 株式・投資信託・暗号資産で利益がある人

投資が一般化したことで、会社員でも投資利益が発生するケースが増えています。

確定申告が必要になるのは次のような場合です。

・特定口座（源泉徴収なし）の取引

年間損益を自分で申告する必要があります。

・一般口座の取引がある場合

利益・損失を自分で計算し申告する必要があります。

・暗号資産（ビットコイン等）で利益が出ている

雑所得として申告が必要です。

・損益通算をしたい

特定口座でも株式・投信の損失を翌年以降に繰り越す場合は確定申告が必須です。

従業員が投資をしていることは会社では把握できないため、一般的な案内として伝えておくと良いでしょう。

5. 住宅ローン控除の“初年度”の人

住宅ローン控除は、
・初年度は確定申告
・2年目以降は年末調整
という仕組みです。

初年度は提出書類が多いため、年末調整では処理できません。
従業員が勘違いしやすい部分なので、会社として必ず説明しておきましょう。

6. 年の途中で退職し、その後再就職していない人

退職後に再就職していない場合、年末調整が行われないため確定申告が必要です。

必要書類は退職時に会社から渡される「源泉徴収票」。
紛失すると再発行の手続きが必要になるため、会社側でも丁寧に案内すると親切です。

７. 経営者・事務担当者が従業員に伝えるべきこと

次の案内を従業員へしておくと、毎年の問い合わせが劇的に減ります。

・副業収入がある人は確定申告が必要なケースが多い
・医療費控除・寄附金控除は年末調整ではできない
・投資利益は会社では把握できないため本人が申告
・住宅ローン控除の初年度は必ず確定申告
・退職者は年末調整の対象外

会社として一つの説明資料にまとめて配布すると、より負担が減ります。

８. まとめ

年末調整が終わっても、次のような人は確定申告が必要です。

・副業収入20万円超
・医療費控除を受けたい
・ふるさと納税の特例が使えない
・投資利益が出ている
・住宅ローン控除の初年度
・途中退職して年末調整を受けていない

従業員が誤解しやすい部分を会社として案内しておくことで、未申告リスクを防ぎ、正しい税務手続きを後押しできます。